למרות שהיא עושה רושם של ילדונת צעירה, היא אחד הגידולים העתיקים שתרבת האדם. מקורה כנראה בשלושה מרכזי התפתחות: מרכז אסיה (צפון-מערב הודו עד אפגניסטן), המזרח הקרוב (כן, גם אצלנו), ואתיופיה. לאחר שתורבתה, הפיצו אותה עוברי דרך, סוחרים, וכובשים, והיא הגיעה לארצות הים התיכון ולמזרח הרחוק.

שרידים של אפונה פרימיטיבית בת כמעט 12,000 שנה נתגלו במערות בגבול בורמה-תאילנד (זו אפונת בר שלוקטה, לא זן מתורבת), בצפון-מערב עיראק נתגלו נכדותיהם הצעירות, בנות 8000 שנה, ובשרידי ישוב באגם בשווייץ, נמצאו הנינות, בנות 5000 שנה… היוונים והרומאים גידלו אותן במאה ה-6 לפנה"ס, אך לסין הן הגיעו מאוחר יחסית, רק במאה השביעית לספירה, ומכאן בא להן שמן הסיני: "hu tou" – קטניות זרות.
הזנים הראשונים הכילו אפונים, שהיו קשים גם בגיל צעיר, ולכן השתמשו בהן יבשים או טחונים כקמח. אלו גם היו אפונים כהים וקטנים יותר מאלו המוכרים לנו כיום. בימי הביניים הפכה האפונה היבשה למזון מרכזי במטבחי פשוטי העם באירופה בשל יכולתה להישמר לאורך חודשי החורף הארוכים ולמלא בטן רעבה. רק בסוף המאה ה-14 פותחו באיטליה זנים ראשונים של אפונה שנאכלת טרייה, אחריהם פותחו זנים צרפתים זעירים, ולאחר כמה מאות נוספות התרחבה התופעה, ואפונה טרייה הפכה לעניין שבאופנה.

הבעיה עם אפונה טרייה היא, שממש מרגע הקטיף מתחיל הסוכר שבה להפוך לעמילן, והיא מאבדת ממתיקותה במהירות. התכונה הזו בעייתית במיוחד בעולם של היום, בו עובר זמן רב יחסית עד שהירקות מגיעים למדפי החנות. ולכן, אפילו כיום, כשאפונה מגודלת בכל רחבי העולם, רק מעט אפונה מגיעה טרייה למדפים, ורוב רובם של הכדורים העגולים הזעירים נארזים בקופסאות שימורים, מוקפאים או מיובשים. אפונה משומרת משנה את צבעה למעין חאקי, משום שהכלורופיל שבה נהרס בחום, והיא גם מאבדת חלק גדול מערכיה התזונתיים, ועל כן, כשהחלו להקפיא ירקות, בשנות ה-20 של המאה שעברה, הפכה דרך זו למועדפת – האפונה מוקפאת כמעט מיד עם הקטיף, וכך שומרת על צבעה ועל היתרונות התזונתיים שבה.
את הסוכריות המתוקות הטריות מהשדה אפשר לאכול רק בחורף ובאביב, כי האפונה לא אוהבת את עקת החום של הקיץ.